מי שהיתה בו בהרת ונקצצה – מעצמה, טהורה קצצה מיתכוון רבי אליעזר אומר לכשיולד לו נגע אחר ויטהר ממנו וחכמים אומרים עד שתפרח בכולו – רבי אליעזר וחכמים מבחינים בין נקצצה מעצמה לבין מי שקצץ בעצמו את הבהרת. במקרה השני הוא ראוי לקנס, ובראשון אין זו אשמתו. מהמשנה הקודמת התקבל הרושם כאילו הבעיה היא "טכנית", שהכוהן איננו יכול להכריז "טהור". אבל ממשנתנו ברור שמה שמכריע הוא השיקול הערכי. אם היא נקצצה בטעות, אין מקום לקנס. הפתרון של "תתמעט הבהרת" אינו חל במקרה זה, שהרי הבהרת נקצצה. עם זאת, במשנתנו אין הצעה שאין בה קנס מפליג, זאת בניגוד למשנה. כך, למשל, אפשר היה לקבוע שאם החלים הפצע ואין בו בהרת הוא טהור. יש אפוא הבדל בין המשניות במרכיב הקנס.
היתה בראש העורלה ימול – היה מקום לטענה שראש הערלה הוא אחד מראשי האברים ובהרת בו אינה מטמאה, ברם הוא אינו מופיע ברשימה דלעיל (פ"ו מ"ז). הבעיה היא שאם הבהרת שם הרי שבמהלך המילה תקוצץ הבהרת. אבל כאן מותר למוהל למול משום שמצוות המילה קודמת, וברור שהנימול טהור, שהרי לא קצץ את המילה בעצמו. גם כאן השיקול הערכי קובע את ההלכה, ולא השיקול הטכני.
בתוספתא מובאת סדרת הלכות המעבירה את הקביעות שבמשנה לכל סוגי הצרעת: "1. הקורע נגע מן הבגד, והקולף נגע מן הבית, הרי זה לוקה את הארבעים, שנאמר 'השמר בנגע הצרעת לשמור מאוד ולעשות'. 2. אבל נושא הוא במומו על כתפו, ובסיב ברגלו, ואם הלכה לה הלכה. 3. היו בו שתי שערות תלש אחת ונשרה אחת טהור. היו שלש תלש אחת ונשרו שתים טהור, שתים ונשרה אחת טמא. 4. נתמעטה בהרתו מכגריס בין כך ובין כך טהור, פתח בכולו בין כך ובין כך טהור" (פ"ג ה"ב, עמ' 621). הלכות 1 ו-3 הן יישום המשנה על כל המקרים. ההלכה השנייה מתירה לבצע פעולות ה"מסכנות" את שלמות הבהרת. ההלכה מזכירה את דין הבכור שאין להטיל בו מום, והמטיל בו מום נקנס. עם זאת אין חובה לשמור עליו, ומותר לסכנו בתקווה שהמום ייתלש. ההלכה האחרונה מסבירה את המשנה. הייתה לאיש בהרת גדולה, ובה שערות. הוא תלש את השערות, ואם הבהרת תקטן הוא ייטהר. בהמשך התוספתא יש דיון בפרטים שונים, ובהלכה ה תוספת על משנתנו: "קצצה מתכוין רבי אליעזר אומר משיולד לו נגע אחר ויטהר הימנה, וחכמים אומרים אין לזה טהרה עולמית. אמר רבי יהודה לא נחלקו רבי אליעזר וחכמים על שקצצה וקצץ עמה בשר חי שאין לזה טהרה עולמית, ועל שקצצה שייר הימנו כל שהוא, שאם פרחו בכולו הרי היא טהור. על מה נחלקו על שקצצו מת, שרבי אליעזר אומר אין לו טהרה עד שיוליד לו נגע אחר ויטהר הימנה, וחכמים אומרים פרחה במקצתו טמא פרחה בכולו טהור" (פ"ב ה"ה, עמ' 621). ברישא מוצגת עמדה שונה של חכמים המחמירה בהרבה, בעיקר בהיבט העקרוני. באופן מעשי "עד שתפרח כולו" חמור כמו "אין לו טהרה", אבל הגישה העקרונית של "אין לו טהרה" חמורה יותר. ההמשך הוא למעשה משנתנו, כמבואר בטבלה (המידע שבמשנה על רקע אפור).
קציצה מכוונת של הנגע
בספרא יש ברייתא דומה, אלא ששם המקרה השלישי מכונה "קצצה מובאות", כלומר קצצה בדיוק (תזריע, פרשת נגעים פי"ב ה"י-הי"א, סח ע"א). המילה "מובאת" משמשת במשמעות זו גם לעיל (פ"ה מ"ו).