הלכות שבת, שתופסות מקום נכבד בספר זמנים, נמצאות ברובן במסכת שבת. בבסיסן של הלכות שבת נמצאים מן הצד האחד איסורי המלאכה בשבת על כל הסתעפויותיהם, ומהצד השני מצוות עשה של שביתה בשבת. מצוות עשה זו של שביתה אינה מתפרשת רק כציווי על ההימנעות ממלאכות האסורות, אלא כציווי כללי על מנוחת השבת וקדושתה. מכוח אלה נוספים ליום השבת גם איסורים והגבלות שאינם קשורים לאיסורי המלאכה, אלא למהותה של מצוות השביתה המייחדת את השבת על פני שאר ימי המעשה.
בהלכות שבת יש כמה וכמה יחידות שעוסקות בנושאים מוגדרים. בפרקים הראשונים פותח הרמב”ם כדרכו, בהגדרות כלליות, בכללים הנוגעים לחיוב על עשיית מלאכה בשבת, ובמקרים שבהם שבת נדחית מפני פיקוח נפש. אחרי הקדמות אלה מתחיל הרמב”ם (בדומה לסדר המצוי במסכת שבת במשנה) בדברים שהם ההכנות לכניסת השבת: השהיה והטמנה של התבשילים לצורך השבת והדלקת הנר לכבוד שבת (וכן בדין הנאה ממלאכה שנעשתה בשבת הדומה לאלו בצדדים שונים). אחריהם הוא פונה לגופן של ההלכות: פירוט המלאכות האסורות בשבת, כשבכל מלאכה ומלאכה מפורשת בתחילה המלאכה שמהווה בסיס לאיסור — ‘אב המלאכה’, ומפורטות מלאכות נוספות האסורות בשל דמיונן לאב — ‘תולדות’ של המלאכה. מקום נכבד לעצמו ניתן למלאכה האחרונה ברשימת המלאכות האסורות — מלאכת ההוצאה — הן משום שמבחינה מעשית יש לה מרחב גדול יותר שבה היא שייכת, והן משום שיש בה מערכת מפותחת של הגדרות והלכות הכוללות צדדי איסורים מדברי תורה ומדברי סופרים.
מכאן עובר הרמב”ם לעסוק באיסורים שאינם ממש מלאכות בשבת, אבל הם נובעים מחמת מצוות השביתה. חלק אחד שלהם נקרא ‘דברים האסורים משום שבות’, והמדובר בפעולות האסורות משום שיש ביניהן קשר למלאכות האסורות מן התורה, ומשום כך אינן מתאימות לדרכה או למהותה של השבת. בתוך האיסורים שאפשר לראותם כביטויים של דיני שבות בשבת, קיים האיסור על פעולות הדומות למלאכות האסורות, שלרוב המכנה המשותף שלהן הוא שיש בהן משום תיקון של דבר, ופעמים אף כאשר הן לא לגמרי חומריות (איסור רפואה, איסור נגינה, וגם איסור הטבלת כלים או הזאה על אדם לטהרה). נוספים לכך גם כל הדינים שהם כל כולם עניין של הרחקה מפעולות של איסור, אף אם לעצמן אינן בכלל מלאכה, ובהם האיסור לעסוק במסחר ובכל מה שדומה לו. בתוך התחומים האלה, שנראה שאפשר להכניס אותם להגדרת הצד החיובי של השביתה, ישנם גם האיסורים שלא לעשות מעשים שאינם יאים לשבת, ובפרט דיבורים שקשורים במלאכת החול, כאמור בדברי הנביא “אם תשיב משבת רגלך, עשות חפצך ביום קדשי...” (ישעיהו נח,יג).
גוף הלכה אחר השייך לשביתת שבת, נוגע לדיניהם של אותם החפצים שמפני שיש בהם צד בלתי שבַּתי — כלים שעושים בהם מלאכות אסורות, או שהם דברים שלא היו מוכנים לשימוש בשבת — הם אסורים גם בטלטול ביום השבת. בעניין זה דנים הפרקים העוסקים בדיני ‘מוקצה’ לסוגיו השונים, בתוך ההגדרות המפורטות, ולפעמים מסובכות, שיש בהלכה.
דין נוסף המפורש בתורה בפני עצמו, הוא ‘תחום השבת’ שאסור לצאת ממנו ביום השבת. כאן נאמרו הדינים לגבי קביעתו, דרך מדידתו וכיצד נוהגים בו ביחיד, בקבוצה או בעיר שלמה; ואילו בהלכות עירובין באה השלמה לדינים אלו.
הלכות שבת נחתמות בדין ה’קידוש’ בכניסת שבת — בתפילה ועל היין — ה’הבדלה’ במוצאי שבת, ובעוד פרטים של כבוד היום ועינוגו. דינים אלה מביאים לידי ביטוי את ייחודה של השבת בפעולות ממשיות ומעשיות.