הלכות פסולי המוקדשין הן הלכות מרובות ושונות זו מזו, שבמקורן הן מצויות בתלמוד במקומות שונים, ואילו הרמב"ם קיבץ אותן למערכת שלמה אחת.
תמצית ההלכות הללו היא פסולים שמתארעים בקרבנות מכל הסוגים, לאחר שהקרבנות כבר הוקדשו, ולא נפסלו קודם לכן בגלל מומים או איסורים אחרים. פסולי המוקדשין כוללים לפיכך פסולים מסוגים שונים, וביניהם: פסולים שאירעו בקרבן בשחיטתו, בין שנשחט בידי מי שאינו ראוי לכך, או שנשחט שלא במקום הראוי לכך, או שנשחט בדרך שאינה ראויה לשחיטה. וכיוצא בזה אם אירע דבר מעין זה בשאר העבודות של הקרבן: קבלה, הולכה וזריקה. הלכות אחרות עוסקות בהתקדשות קדשים שעלו על המזבח, באופן שאף מתיר לעתים את הקרבתם עליו גם אם יש בהם פסולים שונים.
בעיות אחרות של פסולי המוקדשין הן כאשר בהמה שהוקדשה כבר לא ניתנת להקרבה, כגון שהתכפרו הבעלים באחרת, ויש דינים שונים על פי הקרבנות והנסיבות, כיצד נוהגים באותה הבהמה. דינים אחרים ששייכים לפסולי המוקדשין עוסקים בשאלה כיצד יש לנהוג בכסף שהוקדש לשם קרבן, ונאסר בהקרבה או אבד או נתערב באחרים.
סוגים אחרים של בעיות בפסולי המוקדשין אינם בטעויות או פגמים בעבודה, אלא כאשר נתערבו בעלי חיים או איברים שונים מן המוקדשים זה בזה, ואי אפשר לברר לאן שייך כל אחד מן הדברים שמצויים בידינו. כל ההלכות השייכות בבהמות של קרבן שייכות גם בעופות של קרבנות, אלא ששם האפשרויות של תערובת ושל טעות מרובות יותר, ולכן פעמים שתערובת כזאת גורמת לסבך שלם, שמחייב הבאת קרבנות אחרים כדי להשלים את מה שלא ברור אם הוקרב כדין, או שלא נודע כיצד ראוי להקריבו.
כשם שיש פסולי הקדשים בזבחים כך יש במנחות, בין כשנעשה פגם בדרכי עבודתן או שהתערבו במינים אחרים. כמו כן קיימות בעיות במיני לחם או נסכים שנתערבו או שחסרו בכל צורה שהיא, וכן פגמים בקרבנות עצמם המשפיעים על פסולי הלחם או הנסכים.
נוסף על הפסולים הללו, שהם פסולים אובייקטיביים, יש שלושה סוגים של פסולים אחרים, שנובעים מכך שהכהן המקריב קרבן מסוים חושב בשעת העבודה שהקרבן יוקרב בדרך שאינה מתאימה למה שנועד לו הקרבן המסוים הזה. שלוש הן המחשבות הפוסלות: אחת היא המחשבה בשינוי שמו של הקרבן, שחושב להקריבו שלא לשם מה שהוקדש לו, ובכלל זה גם המקרה שחושב שקרבן זה יוקרב לשם אדם אחר, שלא הוא שהקדישו; פסול אחר הוא במחשבת שינוי המקום, שמחשב לעשות את עבודתו במקום שאינו ראוי לכך; ומחשבה שלישית היא שמחשב לשנות מן הזמן הראוי לקרבן זה. בכל המחשבות הללו, אף אם לא נעשו השינויים בפועל, הכוונה לעשותם גורמת לפסול את הקרבן.
את הלכות פסולי המוקדשיו מסיים הרמב"ם בעצם האיסור להפסיד קדשים בכל אופן שהוא, וכן באיסור אכילת הקדשים שנפסלו והמצווה לשרוף, ובמקרים מסוימים לקבור, את הקדשים שנפסלו.